Xam’d: Lost Memories – Pulau Sentan adalah pulau kecil yang dikelilingi oleh Laut Yuden. Itu ada dalam keadaan ketenangan seperti mimpi, terputus dari perang antara Pemerintah Utara dan Zona Bebas Benua Selatan. Tokoh kita, Akiyuki Takehara, tinggal di Pulau Sentain bersama ibunya Fusa. Dia saat ini terpisah dari ayahnya, dokter kota Ryuzo, tetapi ikatan antara ayah dan anak tetap. Suatu hari, setelah mengambil Ryuzo makan siang yang dibuat Fusa untuknya seperti biasa, Akiyuki tiba di sekolah, di mana ia terjebak dalam ledakan bersama dengan teman-temannya, Haru dan Furuichi. Ledakan itu menghasilkan cahaya misterius, yang memasuki lengan Akiyuki, menyebabkannya sakit luar biasa. Namun, dia tidak punya waktu untuk memahaminya, ketika gadis berambut putih yang naik bus bersamanya menuntunnya ke kekuatan yang tidak seperti apa pun yang pernah dikenalnya.