Free! -Take Your Marks-: Terjadi di antara acara-acara Gratis !: Musim Panas Abadi dan Gratis !: Selami Masa Depan, Gratis !: Take Your Marks memainkan para senior yang lulus musim panas lalu melalui empat cerita yang berbeda sebelum mereka berlayar untuk masa depan. (Destined Choice!) Mengikuti Haruka Nanase dan Makoto Tachibana mencari apartemen baru untuk Haruka saat ia menetap di Tokyo. Hitou no Cooling Down! (Pendinginan di Mata Air Panas Rahasia!) Melihat Aiichiro Nitori memilih hadiah kelulusan untuk Rin Matsuoka dan Sousuke Yamazaki, sementara Momotaro Mikoshiba memenangkan tiket ke Anago Hot Springs. Berharap untuk perjalanan bersama, Aiichiro dan Momotaro mengundang Rin dan Sousuke. Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) Menunjukkan Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki, dan Gou Matsuoka membuat video rekrutmen untuk menarik anggota klub baru untuk tahun ajaran berikutnya. Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) Melihat ke dalam rencana tim berenang Iwatobi dan Samezuka untuk pesta pelarian mengejutkan Rin, karena ia akan segera berangkat ke Australia. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]Bagian 1: Pilihan Takdir
Bagian 2: Pemandian Air Panas Penyegar
Bagian 3: Satuan Kupu-kupu
Bagian 4: Perginya Eternal Blue