Gakuen Heaven – Itou Keita, seorang pria biasa, terkejut ketika dia diundang untuk menghadiri institusi elit, “Bell Liberty Academy.” Terkesima oleh misteri, dia lebih jauh terganggu oleh dinamika sosial sekolah. Di tengah lautan para pemuda yang luar biasa, Keita berjuang untuk mencari tahu apa yang membuatnya unik, dan bagaimana ia bisa layak diperlakukan setara oleh anak-anak BL. Karena tidak memiliki kemampuan tertentu, mengapa Itou disambut ke dunia istimewa yang berbakat dan cantik? Sepanjang jalan, ia mengembangkan hubungan yang intens dengan hampir semua orang di sekolah, tetapi ia sangat tertarik dengan teman sekelasnya yang ramah, perhatian, tetapi sangat misterius, Kazuki Endou.