Iori Kitahara pindah ke kota pesisir Izu untuk tahun pertamanya di universitas, mengambil tempat tinggal di atas Grand Blue, toko selam scuba pamannya. Iori memiliki harapan dan impian yang tinggi tentang memiliki pengalaman kuliah yang ideal, tetapi ketika dia memasuki toko dia tersedot ke dalam aktivitas beralkohol dari anggota Klub Menyelam yang riang yang sering mengunjungi tempat itu. Dibujuk oleh kakak kelas Shinji Tokita dan Ryuujirou Kotobuki, Iori dengan enggan bergabung dengan partai aneh mereka. Sepupunya Chisa Kotegawa kemudian berjalan masuk dan menangkapnya dalam tindakan itu, membuat Iori merasa jijik. Berdasarkan Kenji Inoue dan manga komedi populer Kimitake Yoshioka, Grand Blue mengikuti misadventures Iori dengan teman-teman barunya yang eksentrik ketika ia berusaha untuk mewujudkan impian kuliahnya yang ideal , sambil juga belajar cara scuba diving.