Tujuh tahun setelah manusia dihancurkan oleh bencana besar, sebuah mercusuar ilmu pengetahuan dan kemakmuran muncul di Kota Kamitsubaki. Namun, di balik bayang-bayangnya, ada Tesseractor, monster yang lahir dari kegelapan manusia. Hanya Witchling, lima gadis dengan suara yang bisa menggunakan sihir, yang bisa melawan mereka. Dengan setiap nada, mereka bertarung, tidak hanya untuk melindungi kedamaian kota, tetapi juga untuk menyembuhkan dunia yang hancur.