Lord El-Melloi II Sei no Jikenbo: Rail Zeppelin Grace Note – Tokubetsu-hen – Sebuah surat dikirimkan kepada Lord El-Melloi II yang memberitahukan tentang reuni Menara Jam. Suatu pagi, saat tanggal reuni semakin dekat, Lord El-Melloi II melihat ke cermin dan terkejut. Dia tiba-tiba satu dekade lebih muda! Lord El-Melloi II telah menjadi Waver Velvet, dirinya yang dulu! Percaya dirinya berada dalam cengkeraman delusi yang kuat dan diinduksi secara ajaib, Lord El-Melloi II segera mulai menyelidiki bagaimana ini bisa terjadi. Pada hari reuni, dia pergi ke pertemuan orang-orang sezamannya, berencana untuk menghadapi siapa pun yang mengubah tubuhnya dan berharap untuk mengungkapkan niat mereka. Namun, ketika Touko Aozaki tiba, segalanya berubah secara tiba-tiba…