Strawberry Panic – Aoi Nagisa pindah ke salah satu dari tiga sekolah Katolik khusus perempuan yang berafiliasi di Astraea Hill, Akademi Perempuan St. Miator. Di sana, ia menemukan komunitas sesama siswa yang terjalin dalam hierarki yang rumit, di mana dua Etoile mewakili tiga sekolah. Untuk menyesuaikan diri, Nagisa harus pergi ke kelas, bergabung dengan klub, dan mencari teman baru. Sementara itu, Shizuma Hanazono, satu-satunya Etoile dari Bukit Astraea, mendapati dirinya tertarik pada siswa pindahan yang baru dan menarik ini. Ketika Shizuma dan Nagisa saling mengenal, Shizuma akhirnya memutuskan sudah saatnya untuk menghadapi masa lalunya yang bermasalah.