Arifureta berkisah mengenai Hajime Nagumo, yang merupakan seorang otaku berat. Suatu hari, ia tertidur di sekolah dan berpindah bersama teman-temannya ke dunia fantasi. Di dunia barunya, mereka harus menyelamatkan dunia. Tetapi, Hajime hanya dibekali satu kemampuan saja, membuatnya jadi bahan rundungan. Apakah Hajime akan selamat di dunia ini?