Dengan lima anak baru dan misi baru yang mengasyikkan di Dunia Digital, Digimon Frontier menghadirkan kembali semua aksi dan petualangan hebat dari tiga musim terakhir. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei. dan Tomoki bertemu satu sama lain di kereta yang membawa mereka ke Dunia Digital di mana perang melawan kejahatan sedang berlangsung. Digimon Malaikat, Cherubimon, salah satu dari Tiga malaikat yang dikirim untuk menyelamatkan Dunia dari Lucemon yang haus kekuasaan, telah beralih ke sisi gelap dan seluruh Dunia Digital dalam bahaya. Untuk bertarung dalam pertempuran hebat ini, kelima CHOSEN ONES harus menemukan Densetsu no Spirit (Legendary Spirit).