Magano, sebuah dunia paralel yang dipenuhi monster yang dikenal sebagai “Kegare,” adalah tempat di mana pengusir setan berurusan dengan semua kotoran. Benio Adashino adalah pengusir setan yang terkenal karena kekuatannya dan dipanggil ke Tokyo oleh Exorcist Union. Dalam perjalanannya, dia merosot ke pelukan Rokuro Enmadou, seorang pengusir setan muda dengan masa lalu yang bermasalah.Tapi ketidakmurnian Magano tidak beristirahat. Ketika dua pengusir setan ini menyaksikan beberapa anak yang dicuri oleh Kegare, Benio bergegas menyelamatkan mereka, menyeret Rokuro bersamanya ke Magano. Terlibat dalam pertarungan dimana dia berada di ambang dikalahkan, Benio diselamatkan oleh Rokuro, mengungkapkan dirinya mampu menjadi saingannya dalam bakat.Sousei no Onmyouji bercerita tentang dua pengusir setan berbakat yang ditakdirkan untuk menjadi “Pengusir Setan Bintang Kembar” dan orang tua Miko yang dinubuatkan — reinkarnasi dari Abe no Seimei — yang akan membersihkan dunia dari semua kenajisan